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/ Chip 2004 December / 2004-12 CHIP.iso / Dom i biuro / Crimson Editor 3.70 / cedt370r.exe / spec / r.key < prev    next >
INI File  |  2003-07-01  |  41KB  |  158 lines
  1. [-COMMENT-:GLOBAL]
  2. # R (S Compatible) LANGUAGE KEYWORDS FILE FOR CRIMSON EDITOR
  3. # Based on R 1.70 Manuals
  4. # Cai, Yong caiyong@u.washington.edu
  5. # July 01, 2003 
  6.  
  7. [KEYWORDS0:GLOBAL] 
  8. #base The R base package
  9.  
  10. #special operators, would not show in color because these are listed as delimitors 
  11. - ! != $ %% %*% %/% %in% %o% %x% & && * / : :: ? @ ^ | || ~ + < <= = == > -> >= ->>
  12. #special operators, would not show in color because these are listed as deliminators 
  13.  
  14.  
  15. .Autoloaded .AutoloadEnv .BaseNamespaceEnv .C .Call .Class .Deprecated .Device .Devices .dynLibs .External .find.package .First .First.lib .First.sys .Fortran .Generic .GlobalEnv .Group .Internal .isMethodsDispatchOn .Last .Last.lib .Last.value .leap.seconds .libPaths .Library .Machine .Method .noGenerics .NotYetImplemented .NotYetUsed .Options .packages .Pars .path.package .Platform .PostScript.Options .Primitive .primTrace .primUntrace .ps.prolog .Random.seed .Renviron .Rprofile .Script .subset .subset2 .Traceback 
  16.  
  17. abbreviate abline abs acos acosh add.scope add1 addTaskCallback aggregate agrep AIC AIC.logLik airmiles airquality alias alist all all.equal all.equal.POSIXct all.names all.vars anova anova.glm anova.glmlist anova.lm anova.lmlist anova.mlm anovalist.lm anscombe any aov aperm append apply approx approxfun apropos Arg args Arith Arithmetic array arrows as.array as.call as.character as.character.octmode as.character.POSIXt as.complex as.data.frame as.data.frame.logLik as.data.frame.matrix as.data.frame.model.matrix as.data.frame.numeric as.data.frame.ordered as.data.frame.POSIXct as.data.frame.POSIXlt as.data.frame.table as.data.frame.ts as.data.frame.vector as.difftime as.double as.environment as.expression as.factor as.formula as.function as.integer as.list as.logical as.matrix as.matrix.noquote as.matrix.POSIXlt as.name as.null as.numeric as.ordered as.pairlist as.POSIXct as.POSIXlt as.qr as.real as.single as.symbol as.table as.table.ftable as.ts as.vector asin asinh AsIs assign assocplot atan atan2 atanh attach attenu attitude attr attr.all.equal attributes autoload autoloader ave axis axis.POSIXct axTicks 
  18.  
  19. backsolve barplot basename BATCH Bessel bessel besselI besselJ besselK besselY Beta beta Binomial binomial bitmap bmp body box boxplot boxplot.formula boxplot.stats break bringToTop browseEnv browser browseURL bug.report build builtins bw.bcv bw.nrd bw.nrd0 bw.SJ bw.ucv bxp by bzfile C 
  20.  
  21. c c.POSIXct c.POSIXlt call capabilities capture.output cars case.names casefold cat Cauchy cbind cbind.ts ceiling char.expand character charmatch chartr check check.options chickwts Chisquare chol chol2inv choose choose.files chull class close close.screen close.socket closeAllConnections cm cm.colors co.intervals co2 codes coef coefficients col col2rgb colMeans colnames colors colours colSums commandArgs comment Compare compareVersion Comparison complete.cases Complex complex confint conflicts Conj connection connections constrOptim contour contr.helmert contr.poly contr.sum contr.treatment contrasts contrib.url contributors Control convolve cooks.distance coplot copyright copyrights cor cos cosh count.fields cov cov.wt covratio CRAN.packages crossprod cummax cummin cumprod cumsum curve cut cut.POSIXt cycle D 
  22.  
  23. data data.class data.entry data.frame data.matrix dataentry date DateTimeClasses dbeta dbinom dcauchy dchisq de debug debugger delay delete.response deltat demo density deparse Deprecated deriv deriv3 det detach dev.control dev.copy dev.copy2eps dev.cur dev.interactive dev.list dev.next dev.off dev.prev dev.print dev.set dev2bitmap deviance device Devices dexp df df.residual dfbeta dfbetas dffits dgamma dgeom dget dhyper diag diff diff.ts difftime digamma dim dimnames dir dir.create dirname discoveries DLL.version dlnorm dlogis dmultinom dnbinom dnorm do.call dotchart double download.file download.packages dpois dput drop drop.scope drop.terms drop1 dsignrank dt dummy.coef dump dump.frames dunif duplicated dweibull dwilcox dyn.load dyn.unload 
  24.  
  25. edit edit.data.frame edit.default edit.matrix eff.aovlist effects eigen else emacs end environment erase.screen Error esoph euro eurodist eval evalq example exists exp expand.grid expand.model.frame expm1 Exponential expression Extract extractAIC 
  26.  
  27. F factor factor.scope faithful FALSE family family.glm family.lm FDist fft fifo file file.access file.append file.choose file.copy file.create file.exists file.info file.path file.remove file.rename file.show file.symlink files filled.contour Filters find findInterval fitted fivenum fix fixInNamespace fixup.libraries.URLs fixup.package.URLs floor flush flush.console for force Foreign Formaldehyde formals format format.char format.data.frame format.default format.factor format.info format.octmode format.POSIXct format.POSIXlt format.pval formatC formatDL formula formula.lm formula.terms forwardsolve fourfoldplot frame freeny frequency ftable ftable.formula function 
  28.  
  29. Gamma gamma gammaCody GammaDist gaussian gc gc.time gcinfo gctorture Geometric get getAllConnections getCConverterDescriptions getCConverterStatus getConnection geterrmessage getFromNamespace getNativeSymbolInfo getNumCConverters getOption getS3method getTaskCallbackNames getwd gl glm glm.control glm.fit globalenv graphics.off gray grep grey grid gsub gzcon gzfile 
  30.  
  31. HairEyeColor hasTsp hat hatvalues heat.colors help help.search help.start Hershey hist hist.POSIXt history hsv Hypergeometric 
  32.  
  33. I identical identify if ifelse Im image index.search Inf infert influence influence.measures inherits InsectSprays INSTALL install.packages installed.packages integer integrate interaction interaction.plot interactive InternalMethods intersect inverse.gaussian inverse.rle invisible IQR iris iris3 is.array is.atomic is.call is.character is.complex is.data.frame is.double is.element is.empty.model is.environment is.expression is.factor is.finite is.function is.infinite is.integer is.language is.list is.loaded is.logical is.matrix is.mts is.na is.na.POSIXlt is.name is.nan is.null is.numeric is.object is.ordered is.pairlist is.qr is.R is.real is.recursive is.single is.symbol is.table is.ts is.unsorted is.vector isIncomplete islands ISOdate ISOdatetime ISOLatin1 isOpen isSeekable 
  34.  
  35. Japanese jitter jpeg julian kappa kronecker La.chol La.chol2inv La.eigen La.svd labels lapply layout lbeta lchoose lcm legend length LETTERS letters levels lgamma library library.dynam licence license LifeCycleSavings limitedLabels lines lines.formula lines.histogram lines.ts link.html.help list list.files lm lm.fit lm.influence lm.wfit load loadhistory loadURL local localeconv locales locator log log10 log1p log2 logb Logic logical Logistic logLik logLik.glm logLik.lm loglin Lognormal longley lower.tri lowess ls ls.diag ls.print ls.str lsf.str lsfit 
  36.  
  37. MacRoman mad mahalanobis make.link make.names make.packages.html make.search.html make.socket makepredictcall makepredictcall.poly manova mapply margin.table mat.or.vec match match.arg match.call match.fun Math Math.difftime Math.factor Math.POSIXlt Math.POSIXt Math2 matlines matmult matplot matpoints matrix max max.col mean mean.POSIXct mean.POSIXlt median mem.limits Memory memory.limit memory.profile memory.size menu merge methods min missing Mod mode model.extract model.frame model.matrix model.matrix.glm.null model.matrix.lm model.offset model.response model.tables model.weights month.abb month.name months morley mosaicplot mtcars mtext Multinomial mvfft 
  38.  
  39. n2mfrow NA na.action na.exclude na.fail na.omit na.omit.ts na.pass name names NaN napredict naprint naresid nargs native.enc nchar nclass.FD nclass.scott nclass.Sturges NCOL ncol NegBinomial new.env newestVersion next NextMethod nextn nhtemp nlevels nlm noquote Normal NotYetImplemented NotYetUsed NROW nrow NULL numeric 
  40.  
  41. object.size objects offset old.packages oldClass on.exit open Ops Ops.difftime Ops.factor Ops.ordered Ops.POSIXct Ops.POSIXlt Ops.POSIXt Ops.ts optim optimise optimize options OrchardSprays order ordered outer 
  42.  
  43. p.adjust package.contents package.dependencies package.description package.skeleton packageStatus page pairlist pairs pairs.formula palette panel.smooth par Paren parent.env parent.frame parse paste path.expand pbeta pbinom pbirthday pcauchy pchisq pdf pentagamma persp pexp pf pgamma pgeom phones phyper pi pico pictex pie pipe PlantGrowth plnorm plogis plot plot.data.frame plot.default plot.density plot.design plot.factor plot.formula plot.function plot.histogram plot.lm plot.mlm plot.mts plot.new plot.POSIXct plot.POSIXlt plot.table plot.ts plot.TukeyHSD plot.window plot.xy plotmath pmatch pmax pmin pnbinom png pnorm points points.formula Poisson poisson poly polygon polym polyroot pos.to.env POSIXct POSIXlt postscript power ppoints ppois precip predict predict.glm predict.lm predict.mlm predict.poly preplot presidents pressure pretty prettyNum print print.anova print.aov print.aovlist print.AsIs print.atomic print.by print.coefmat print.connection print.data.frame print.default print.density print.difftime print.dummy.coef print.factor print.family print.formula print.ftable print.glm print.hsearch print.htest print.infl print.integrate print.libraryIQR print.listof print.lm print.logLik print.matrix print.mtable print.noquote print.octmode print.packageInfo print.packageIQR print.packageStatus print.POSIXct print.POSIXlt print.recordedplot print.rle print.SavedPlots print.simple.list print.socket print.summary.aov print.summary.aovlist print.summary.glm print.summary.lm print.summary.manova print.summary.table print.table print.tables.aov print.terms print.ts print.TukeyHSD print.xtabs printNoClass prmatrix proc.time prod profile proj prompt promptData prop.table ps.options psignrank pt ptukey punif pushBack pushBackLength pweibull pwilcox 
  44.  
  45. q qbeta qbinom qbirthday qcauchy qchisq qexp qf qgamma qgeom qhyper qlnorm qlogis qnbinom qnorm qpois qqline qqnorm qqplot qr qr.Q qr.qty qr.qy qr.R qr.resid qr.solve qr.X qsignrank qt qtukey quakes quantile quarters quasi quasibinomial quasipoisson quit qunif quote qweibull qwilcox 
  46.  
  47. R.home R.Version R.version r2dtable rainbow Random.user randu range rank rbeta rbind rbinom rcauchy rchisq Rconsole Rd2dvi Rd2txt Rdconv Rdevga Re read.00Index read.csv read.csv2 read.dcf read.delim read.delim2 read.ftable read.fwf read.socket read.table readBin readChar readClipboard readline readLines real Recall recordPlot recover rect reformulate reg.finalizer regexpr relevel REMOVE remove remove.packages removeCConverter removeTaskCallback Renviron.site rep repeat replace replayPlot replications require reshape resid residuals residuals.glm residuals.lm return rev rexp rf rgamma rgb rgeom rhyper rivers rle rlnorm rlogis rm rmultinom rnbinom RNG RNGkind RNGversion rnorm round round.difftime round.POSIXt row row.names rowMeans rownames rowsum rowSums rpois Rprof Rprofile rsignrank rstandard rstudent rt rug runif rweibull rwilcox 
  48.  
  49. S3Methods SafePrediction sample sapply save savehistory savePlot scale scan screen sd Sd2Rd se.contrast search searchpaths seek segments select.list seq seq.POSIXt sequence set.seed setCConverterStatus setdiff setequal setwd shell shell.exec SHLIB showConnections sign signif SignRank sin single sinh sink sleep slice.index socketConnection solve solve.qr sort sort.list source Special spline splinefun split split.screen sprintf sqrt stack stack.loss stack.x stackloss stars start Startup stat.anova state stderr stdin stdout stem step stop stopifnot storage.mode str str.logLik str.POSIXt strftime strheight stripchart strptime strsplit structure strwidth strwrap sub Subscript subset substitute substr substring sum Summary summary summary.aov summary.aovlist summary.connection Summary.data.frame summary.data.frame summary.default Summary.difftime Summary.factor summary.factor summary.glm summary.infl summary.lm summary.manova summary.matrix summary.mlm summary.packageStatus Summary.POSIXct summary.POSIXct Summary.POSIXlt summary.POSIXlt summary.table summaryRprof sunflowerplot sunspots svd sweep swiss switch symbol.C symbol.For symbols symnum Syntax sys.call sys.calls sys.frame sys.frames sys.function Sys.getenv Sys.getlocale Sys.getpid Sys.info sys.load.image Sys.localeconv sys.nframe sys.on.exit sys.parent sys.parents Sys.putenv sys.save.image Sys.setlocale Sys.sleep sys.source sys.status Sys.time Sys.timezone system system.file system.time 
  50.  
  51. T t table tabulate tan tanh tapply taskCallbackManager TDist tempdir tempfile termplot terms terms.formula terms.object terms.terms terrain.colors tetragamma text textConnection time Titanic title tolower ToothGrowth topenv topicName topo.colors toString toupper trace traceback tracingState transform trees Trig trigamma TRUE trunc trunc.POSIXt truncate try ts tsp Tukey TukeyHSD type.convert typeof 
  52.  
  53. UCBAdmissions unclass undebug Uniform union unique uniroot unix unix.time unlink unlist unname unsplit unstack untrace unz update update.formula update.packages update.packageStatus upgrade upper.tri url url.show USArrests UseMethod USJudgeRatings USPersonalExpenditure uspop 
  54.  
  55. VADeaths var variable.names vcov vector version vi volcano warning warnings warpbreaks weekdays Weibull weighted.mean weighted.residuals weights weights.glm weights.lm which which.max which.min while Wilcoxon win.graph win.metafile win.print win.version WinAnsi winDialog winDialogString window windows winMenuAdd winMenuAddItem winMenuDel winMenuDelItem with women write write.dcf write.ftable write.socket write.table writeBin writeChar writeClipboard writeLines wsbrowser X11 x11 xedit xemacs xfig xinch xor xpdrows.data.frame xtabs xy.coords xyinch xyz.coords yinch zapsmall zip.file.extract zip.unpack 
  56.  
  57. #[KEYWORDS1:GLOBAL]
  58. #boot Bootstrap R (S-Plus) Functions (Canty) 
  59. abc.ci acme aids aircondit aircondit7 amis aml basic.ci bca.ci beaver bigcity boot boot.array boot.ci boot.object boot.return bootci.object brambles breslow calcium cane capability catsM cav cd4 cd4.nested cens.return censboot channing city claridge cloth co.transfer coal control corr cum3 cv.glm darwin dogs downs.bc ducks EEF.profile EL.profile empinf envelope exp.tilt fir freq.array frets glm.diag glm.diag.plots grav gravity hirose Imp.Estimates imp.moments imp.prob imp.quantile imp.reg imp.weights inv.logit islay jack.after.boot k3.linear linear.approx lines.saddle.distn logit manaus melanoma motor neuro nitrofen nodal norm.ci nuclear paulsen perc.ci plot.boot poisons polar print.boot print.bootci print.saddle.distn print.simplex remission saddle saddle.distn saddle.distn.object salinity simplex simplex.object smooth.f stud.ci sunspot survival tau tilt.boot ts.return tsboot tuna urine var.linear wool 
  60.  
  61.  
  62. #car Companion to Applied Regression 
  63. Adler Angell Anova Anova.II.F.glm Anova.II.lm Anova.II.LR.glm Anova.II.Wald.glm Anova.III.F.glm Anova.III.lm Anova.III.LR.glm Anova.III.Wald.glm Anova.lm Anscombe Ask av.plot av.plots avp Baumann bc Bfox Blackmoor box.cox box.cox.axis box.cox.powers box.cox.var box.tidwell Burt Can.pop ceres.plot ceres.plots Chile Chirot confidence.ellipse contr.Helmert contr.Sum contr.Treatment Contrasts cookd Cowles cr.plot cr.plots crp data.ellipse Davis DavisThin df.terms Duncan durbin.watson ellipse Ericksen Florida Freedman Friendly Ginzberg Greene Guyer Hartnagel has.intercept hccm inv is.aliased Leinhardt leverage.plot leverage.plots lht linear.hypothesis logit Mandel mfrow Migration Moore Mroz n.bins ncv.test nice Ornstein outlier.test panel.car power.axis predictor.names Prestige print.box.cox.powers print.box.tidwell print.chisq.test print.durbin.watson print.F.test print.outlier.test print.spread.level.plot prob.axis qq.plot qqp Quartet recode reg.line relatives response response.name.default Robey Sahlins scatterplot scatterplot.matrix SLID slp sp spm spread.level.plot States subsets summary.box.cox.powers term.names UN US.pop Var vif Vocab which.names Womenlf 
  64.  
  65. #class Functions for classification 
  66. batchSOM condense knn knn.cv knn1 lvq1 lvq2 lvq3 lvqinit lvqtest multiedit olvq1 plot.SOM plot.somgrid reduce.nn SOM somgrid  
  67.  
  68. #cluster Functions for clustering (by Rousseeuw et al.) 
  69. agnes agnes.object agriculture animals bannerplot clara clara.object clusplot clusplot.default clusplot.partition daisy diana diana.object dissimilarity.object ellipsoidhull ellipsoidPoints fanny fanny.object flower lower.to.upper.tri.inds mona mona.object pam pam.object partition plot.agnes plot.diana plot.mona plot.partition plot.silhouette pltree pltree.twins pluton predict.ellipsoid print.agnes print.clara print.diana print.dissimilarity print.ellipsoid print.fanny print.mona print.pam print.summary.agnes print.summary.clara print.summary.diana print.summary.dissimilarity print.summary.fanny print.summary.mona print.summary.pam print.summary.silhouette ruspini silhouette sizeDiss sortSilhouette summary.agnes summary.clara summary.diana summary.dissimilarity summary.fanny summary.mona summary.pam summary.silhouette twins upper.to.lower.tri.inds volume votes.repub xclara 
  70.  
  71. #ctest Classical Tests 
  72. ansari.test bartlett.test binom.test chisq.test cor.test fisher.test fligner.test friedman.test kruskal.test ks.test mantelhaen.test mcnemar.test mood.test oneway.test pairwise.prop.test pairwise.t.test pairwise.table pairwise.wilcox.test power.anova.test power.prop.test power.t.test print.power.htest prop.test prop.trend.test quade.test shapiro.test t.test var.test wilcox.test 
  73.  
  74. #eda Exploratory Data Analysis 
  75. line medpolish residuals.tukeyline smooth 
  76.  
  77. #foreign Read data stored by Minitab, S, SAS, SPSS, Stata, ... 
  78. data.restore lookup.xport read.dta read.epiinfo read.mtp read.S read.spss read.ssd read.xport SModeNames write.dta 
  79.  
  80. #grid The Grid Graphics Package 
  81. .grid.gpar.names .grid.loaded .GRID.STATE .grid.unit.list .unit absolute absolute.size absolute.units as.character.unit clear.display.list clearpage col.spec common.draw.axis convert.gpar convertNative copy current.viewport dataViewport draw.all draw.details draw.details.line.to draw.details.lines draw.details.move.to draw.details.points draw.details.polygon draw.details.rect draw.details.segments draw.details.text draw.details.viewport draw.details.xaxis draw.details.yaxis draw.frame.child editDetails get.gpar get.value gpar Grid grid.Call grid.circle grid.collection grid.copy grid.current.viewport grid.display.list grid.draw grid.edit grid.frame grid.get grid.grill grid.grob grid.height grid.init.viewport.stack grid.layout grid.legend grid.line.to grid.lines grid.move.to grid.multipanel grid.newpage grid.pack grid.panel grid.place grid.plot.and.legend grid.points grid.polygon grid.pretty grid.prop.list grid.rect grid.segments grid.set grid.show.layout grid.show.viewport grid.strip grid.text grid.top.level.vp grid.width grid.xaxis grid.yaxis height height.details height.details.default height.details.frame height.details.rect height.details.text height.details.viewport height.frame height.lines height.post height.post.details.default height.pre height.pre.details.default height.text inc.display.list is.even is.gpar is.grob is.layout is.odd is.unit is.viewport justifyX justifyY layout.heights layout.ncol layout.nrow layout.respect layout.torture layout.widths make.xaxis.labels make.xaxis.major make.xaxis.ticks make.yaxis.labels make.yaxis.major make.yaxis.ticks mod.dims new.col new.row num.col.specs num.row.specs Ops.unit origin.bottom origin.left origin.right origin.top plotViewport pop.saved.gpars pop.saved.Rpars pop.viewport pop.vp print.grob print.unit print.viewport push.saved.gpars push.saved.Rpars push.viewport push.vp record recycle.data row.spec saved.pars set.gpar set.value.grob set.viewport stack.viewports Summary.unit swap.origin.horizontal swap.origin.vertical unit unit.arithmetic unit.c unit.length unit.list unit.list.from.list unit.list.length unit.list.rep unit.pmax unit.pmin unit.rep unset.gpar unstack.viewports updateCol updateRow valid.data valid.just valid.layout valid.origin valid.pch valid.unit valid.units valid.viewport validGP viewport viewport.layout width width.details width.details.default width.details.frame width.details.rect width.details.text width.details.viewport width.frame width.lines width.post width.post.details.default width.pre width.pre.details.default width.text 
  82.  
  83. #KernSmooth Functions for kernel smoothing for Wand & Jones (1995) 
  84. bkde bkde2D bkfe dpih dpik dpill locpoly 
  85.  
  86. #lattice Lattice Graphics 
  87. as.data.frame.shingle as.factorOrShingle as.shingle banking barchart barley bwplot canonical.theme cloud col.whitebg contourplot densityplot dotplot draw.colorkey draw.key environmental equal.count ethanol histogram is.shingle larrows Lattice lattice.theme latticeParseFormula levelplot llines lplot.xy lpoints lsegments lset ltext ltransform3dMatrix ltransform3dto3d melanoma oneway palette.shade panel.3dscatter panel.3dwire panel.abline panel.barchart panel.bwplot panel.cloud panel.densityplot panel.dotplot panel.fill panel.functions panel.grid panel.histogram panel.levelplot panel.linejoin panel.lmline panel.loess panel.mathdensity panel.pairs panel.parallel panel.qq panel.qqmath panel.qqmathline panel.splom panel.stripplot panel.superpose panel.tmd panel.wireframe panel.xyplot parallel plot.shingle prepanel.lmline prepanel.loess prepanel.qqmathline print.shingle print.shingleLevel print.trellis qq qqmath rfs shingle show.settings simpleKey singer splom strip.default stripplot summary.shingle sunspot tmd trellis.device trellis.object trellis.par.get trellis.par.set update.trellis wireframe xyplot 
  88.  
  89. #lqs Resistant Regression and Covariance Estimation 
  90. cov.mcd cov.mve cov.rob lmsreg lqs ltsreg predict.lqs 
  91.  
  92. #MASS Main Library of Venables and Ripley's MASS 
  93. .rat abbey accdeaths addterm Aids2 Animals anorexia anova.loglm anova.negbin area as.character.fractions as.fractions austres bacteria bandwidth.nrd bcv beav1 beav2 biopsy biplot.correspondence birthwt Boston boxcox cabbages caith Cars93 cats cement chem coef.fitdistr coef.lda coef.loglm con2tr confint.glm confint.nls confint.profile.glm confint.profile.nls contr.sdif coop corresp cov.trob cpus crabs Cushings DDT deaths denumerate dose.p drivers dropterm eagles epil eqscplot extractAIC.gls extractAIC.lme extractAIC.loglm extractAIC.polr family.negbin farms fdeaths fgl fitdistr fitted.loglm forbes fractions GAGurine galaxies gamma.dispersion gamma.shape gehan genotype geyser gilgais ginv glm.convert glm.nb glmmPQL hills hist.FD hist.scott housing huber hubers immer Insurance is.fractions isoMDS kde2d lda ldahist leuk lh lm.gls lm.ridge lmwork logLik.negbin loglm loglm1 logtrans mammals Math.fractions mca mcycle mdeaths Melanoma menarche michelson minn38 model.frame.lda model.frame.polr model.frame.qda motors muscle mvrnorm negative.binomial newcomb nlschools nottem npk npr1 Null oats OME Ops.fractions painters pairs.lda parcoord petrol phones Pima.te Pima.tr Pima.tr2 plot.correspondence plot.lda plot.mca plot.ridgelm polr predict.lda predict.mca predict.polr predict.qda print.anova.loglm print.correspondence print.fitdistr print.fractions print.gamma.shape print.glm.dose print.lda print.loglm print.mca print.polr print.qda print.ridgelm print.rlm print.rms.curv print.summary.loglm print.summary.negbin print.summary.polr print.summary.rlm profile.glm psi.bisquare psi.hampel psi.huber qda quine Rabbit rational renumerate residuals.loglm rlm rms.curv rnegbin road rock rotifer Rubber sammon select Shepard ships shoes shrimp shuttle Sitka Sitka89 Skye snails SP500 stdres steam stepAIC stormer studres Summary.fractions summary.loglm summary.negbin summary.polr summary.rlm survey synth.te synth.tr t.fractions terms.gls terms.lme theta.md theta.ml theta.mm topo Traffic truehist ucv update.loglm UScereal UScrime VA vcov.polr waders whiteside width.SJ write.matrix wtloss 
  94.  
  95. #methods Formal Methods and Classes 
  96. .BasicFunsList .doTracePrint .InitTraceFunctions .makeTracedFunction .OldClassesList .untracedFunction allGenerics callGeneric callNextMethod Classes coerce dumpMethod dumpMethods  existsFunction existsMethod extends findClass findFunction findMethod functionPackageName GenericFunctions getClass getClassDef getClasses getGenerics getMethod getMethods getPackageName getValidity hasArg hasMethod initialize is isClass isGeneric isGroup isSealedClass isSealedMethod makeClassRepresentation Methods MethodsListSelect new promptClass promptMethods prototype removeClass removeGeneric removeMethod removeMethods representation resetClass selectMethod setAs setClass setGeneric setGroupGeneric setIs setMethod setOldClass setPackageName setReplaceMethod setValidity show showMethods signature slot slotNames standardGeneric validObject  
  97.  
  98. #mgcv Multiple smoothing parameter estimation and GAMs by GCV 
  99. gam gam.check gam.control gam.fit gam.models gam.nbut gam.parser gam.selection gam.setup gam.side.conditions GAMsetup get.family mgcv mono.con neg.binom null.space.basis.labels null.space.basis.powers null.space.dimension pcls persp.gam plot.gam predict.gam print.gam print.summary.gam QT residuals.gam s summary.gam theta.maxl uniquecombs 
  100.  
  101. #modreg Modern Regression: Smoothing and Local Methods 
  102. as.stepfun.isoreg isoreg ksmooth loess loess.control loess.smooth plot.isoreg plot.ppr ppr predict.loess predict.smooth.spline rock runmed scatter.smooth smooth.spline smoothEnds supsmu 
  103.  
  104. #mva Classical Multivariate Analysis 
  105. ability.cov as.dendrogram as.dist as.hclust as.matrix.dist biplot biplot.princomp cancor cmdscale cophenetic cut.dendrogram cutree dendrogram dist factanal factanal.fit.mle format.dist Harman23.cor Harman74.cor hclust heatmap identify.hclust kmeans loadings names.dist order.dendrogram plclust plot.dendrogram plot.hclust plot.prcomp plot.princomp prcomp predict.princomp princomp print.dendrogram print.dist print.factanal print.hclust print.loadings print.prcomp print.princomp print.summary.prcomp print.summary.princomp promax rect.hclust reorder screeplot str.dendrogram summary.prcomp summary.princomp varimax 
  106.  
  107. #nlme Linear and nonlinear mixed effects models 
  108. ACF ACF.gls ACF.lme Alfalfa allCoef anova.gls anova.lme as.data.frame.groupedData as.matrix.corStruct as.matrix.pdMat as.matrix.reStruct asOneFormula Assay asTable augPred balancedGrouped bdf BIC BIC.logLik BIC.nlme BIC.nls BIC.nlsList BodyWeight Cefamandole coef.corAR1 coef.corARMA coef.corARMAd coef.corCAR1 coef.corCompSymm coef.corHF coef.corIdent coef.corLin coef.corNatural coef.corSpatial coef.corSpher coef.corStruct coef.corSymm coef.gls coef.gnls coef.lme coef.lmList coef.modelStruct coef.pdBlocked coef.pdCompSymm coef.pdDiag coef.pdIdent coef.pdMat coef.pdNatural coef.pdSymm coef.reStruct coef.summary.nlsList coef.varComb coef.varConstPower coef.varExp coef.varFixed coef.varFunc coef.varIdent coef.varPower collapse collapse.groupedData compareFits comparePred contr.SAS corAR1 corARMA corCAR1 corClasses corCompSymm corExp corFactor corFactor.compSymm corFactor.corAR1 corFactor.corARMA corFactor.corCAR1 corFactor.corNatural corFactor.corSpatial corFactor.corStruct corFactor.corSymm corGaus corIdent corLin corMatrix corMatrix.compSymm corMatrix.corAR1 corMatrix.corARMA corMatrix.corCAR1 corMatrix.corCompSymm corMatrix.corIdent corMatrix.corNatural corMatrix.corSpatial corMatrix.corStruct corMatrix.corSymm corMatrix.pdBlocked corMatrix.pdCompSymm corMatrix.pdDiag corMatrix.pdIdent corMatrix.pdMat corMatrix.pdSymm corMatrix.reStruct corNatural corRatio corSpatial corSpher corSymm Dialyzer Dim Dim.corSpatial Dim.corStruct 
  109.  
  110. Dim.default Dim.pdCompSymm Dim.pdDiag Dim.pdIdent Dim.pdMat Dim.pdNatural Dim.pdSymm Earthquake ergoStool Fatigue fdHess fitted.gls fitted.glsStruct fitted.gnls fitted.gnlsStruct fitted.lme fitted.lmeStruct fitted.lmList fitted.nlmeStruct fixed.effects fixed.effects.lme fixed.effects.lmList fixef fixef.lme fixef.lmList formula.corStruct formula.gls formula.gnls formula.groupedData formula.lme formula.lmList formula.modelStruct formula.nlme formula.nlsList formula.pdBlocked formula.pdMat formula.reStruct formula.varComb formula.varFunc gapply Gasoline getCovariate getCovariate.corSpatial getCovariate.corStruct getCovariate.data.frame getCovariate.varFunc getCovariateFormula getData getData.gls getData.gnls getData.lme getData.lmList getData.nlme getData.nls getGroups getGroups.corStruct getGroups.data.frame getGroups.gls getGroups.lme getGroups.lmList getGroups.varFunc getGroupsFormula getResponse getResponse.data.frame getResponse.gls getResponse.lme getResponse.lmList getResponseFormula getVarCov gls glsControl glsObject glsStruct Glucose Glucose2 gnls gnlsControl gnlsObject gnlsStruct groupedData gsummary Gun 
  111.  
  112. IGF Initialize Initialize.corAR1 Initialize.corARMA Initialize.corCAR1 Initialize.corCompSymm Initialize.corHF Initialize.corIdent Initialize.corLin Initialize.corNatural Initialize.corSpatial Initialize.corSpher Initialize.corStruct Initialize.corSymm Initialize.glsStruct Initialize.gnlsStruct Initialize.lmeStruct Initialize.reStruct Initialize.varComb Initialize.varConstPower Initialize.varExp Initialize.varFixed Initialize.varFunc Initialize.varIdent Initialize.varPower intervals intervals.gls intervals.lme intervals.lmList isBalanced isInitialized isInitialized.reStruct LDEsysMat lme lme.groupedData lme.lmList lmeControl lmeObject lmeScale lmeStruct lmList lmList.groupedData logDet logDet.corIdent logDet.corStruct logDet.pdBlocked logDet.pdCompSymm logDet.pdDiag logDet.pdIdent logDet.pdMat logDet.pdNatural logDet.pdSymm logDet.reStruct logLik.corStruct logLik.gls logLik.glsStruct logLik.gnls logLik.gnlsStruct logLik.lme logLik.lmeStruct logLik.lmeStructInt logLik.lmList logLik.reStruct logLik.varComb logLik.varFunc 
  113.  
  114. Machines MathAchieve MathAchSchool Meat MEdecomp MEdims MEEM MEestimate Milk model.matrix.reStruct Muscle Names Names.formula Names.listForm Names.pdBlocked Names.pdMat Names.reStruct needUpdate needUpdate.corStruct needUpdate.default needUpdate.modelStruct needUpdate.reStruct needUpdate.varComb needUpdate.varIdent nfGroupedData Nitrendipene nlme nlme.nlsList nlmeControl nlmeObject nlmeStruct nlsList nlsList.selfStart nmGroupedData Oats Orthodont Ovary Oxboys Oxide 
  115.  
  116. pairs.compareFits pairs.lme pairs.lmList PBG pdBlocked pdClasses pdCompSymm pdConstruct pdConstruct.pdBlocked pdConstruct.pdCompSymm pdConstruct.pdDiag pdConstruct.pdIdent pdConstruct.pdLogChol pdConstruct.pdMat pdConstruct.pdNatural pdConstruct.pdSymm pdDiag pdFactor pdFactor.reStruct pdIdent pdLogChol pdMat pdMatrix pdMatrix.reStruct pdNatural pdSymm Phenobarb phenoModel Pixel plot.ACF plot.augPred plot.compareFits plot.gls plot.intervals.lmList plot.lme plot.lmList plot.nffGroupedData plot.nfnGroupedData plot.nls plot.nmGroupedData plot.pdMat plot.ranef.lme plot.ranef.lmList plot.simulate.lme plot.Variogram pooledSD predict.gls predict.gnls predict.lme predict.lmList predict.nlme 
  117.  
  118. print.anova.lme print.compareFits print.corNatural print.corStruct print.corSymm print.gls print.groupedData print.intervals.gls print.intervals.lme print.intervals.lmList print.lme print.lmList print.modelStruct print.pdMat print.ranef print.ranef.lme print.reStruct print.simulate.lme print.summary.corNatural print.summary.corStruct print.summary.corSymm print.summary.gls print.summary.lme print.summary.lmList print.summary.modelStruct print.summary.pdMat print.summary.varComb print.summary.varFixed print.summary.varFunc print.varComb print.VarCorr.lme print.VarCov print.varFunc 
  119.  
  120. pruneLevels qqnorm.gls qqnorm.lm qqnorm.lme qqnorm.lmList qqnorm.nls Quinidine quinModel Rail random.effects random.effects.lme random.effects.lmList ranef ranef.lme ranef.lmList RatPupWeight recalc recalc.corAR1 recalc.corARMA recalc.corCAR1 recalc.corCompSymm recalc.corHF recalc.corIdent recalc.corNatural recalc.corSpatial recalc.corStruct recalc.corSymm recalc.modelStruct recalc.reStruct recalc.varFunc recalc.varIdent Relaxin Remifentanil residuals.gls residuals.glsStruct residuals.gnls residuals.gnlsStruct residuals.lme residuals.lmeStruct residuals.lmList residuals.nlmeStruct reStruct 
  121.  
  122. simulate.lme solve.pdBlocked solve.pdDiag solve.pdIdent solve.pdLogChol solve.pdMat solve.pdNatural solve.pdSymm solve.reStruct Soybean splitFormula Spruce summary.corAR1 summary.corARMA summary.corCAR1 summary.corCompSymm summary.corExp summary.corGaus summary.corHF summary.corIdent summary.corLin summary.corNatural summary.corRatio summary.corSpher summary.corStruct summary.corSymm summary.gls summary.lme summary.lmList summary.modelStruct summary.nlsList summary.pdBlocked summary.pdCompSymm summary.pdDiag summary.pdIdent summary.pdLogChol summary.pdMat summary.pdNatural summary.pdSymm summary.reStruct summary.varComb summary.varConstPower summary.VarCorr.lme summary.varExp summary.varFixed summary.varFunc summary.varIdent summary.varPower Tetracycline1 Tetracycline2 
  123.  
  124. update.corStruct update.gls update.gnls update.groupedData update.lme update.lmList update.modelStruct update.nlme update.nlsList update.reStruct update.varComb update.varConstPower update.varExp update.varExpon update.varFunc update.varPower varClasses varComb varConstPower VarCorr varExp varFixed varFunc varIdent Variogram Variogram.corExp Variogram.corGaus Variogram.corLin Variogram.corRatio Variogram.corSpatial Variogram.corSpher Variogram.default Variogram.gls Variogram.lme varPower varWeights varWeights.glsStruct varWeights.lmeStruct varWeights.varComb varWeights.varFunc Wafer Wheat Wheat2 
  125.  
  126. #nls Nonlinear regression 
  127. anovalist.nls asOneSidedFormula BOD ChickWeight clearNames CO2 DNase formula.nls getInitial Indometh Loblolly nls nls.control nlsModel NLSstAsymptotic NLSstClosestX NLSstLfAsymptote NLSstRtAsymptote numericDeriv Orange plot.profile.nls predict.nls profile.nls profiler profiler.nls Puromycin selfStart selfStart.default selfStart.formula setNames sortedXyData SSasymp SSasympOff SSasympOrig SSbiexp SSfol SSfpl SSgompertz SSlogis SSmicmen SSweibull Theoph 
  128.  
  129. #nnet Feed-forward neural networks and multinomial log-linear models 
  130. add.net add1.multinom anova.multinom class.ind coef.multinom coef.nnet drop1.multinom eval.nn extractAIC.multinom model.frame.multinom multinom nnet nnetHess norm.net predict.multinom predict.nnet print.multinom print.nnet print.summary.multinom print.summary.nnet residuals.nnet summary.multinom summary.nnet vcov.multinom which.is.max 
  131.  
  132. #Rcmdr R Commander 
  133. aboutRcmdr colPercents Commander influence.plot levene.test partial.cor reliability rowPercents 
  134.  
  135. #rpart Recursive partitioning 
  136. car.test.frame cu.summary kyphosis labels.rpart meanvar na.rpart path.rpart plot.rpart plotcp post pred.rpart predict.rpart print.rpart printcp prune residuals.rpart rpart rpart.control rpart.matrix rpart.object rpart.poisson rpartcallback rpconvert rsq.rpart snip.rpart solder summary.rpart text.rpart xpred.rpart 
  137.  
  138. #spatial functions for kriging and point pattern analysis 
  139. anova.trls anovalist.trls correlogram expcov gaucov Kaver Kenvl Kfn plot.trls ppgetregion ppinit pplik ppregion predict.trls prmat Psim semat sphercov SSI Strauss surf.gls surf.ls trls.influence trmat variogram 
  140.  
  141. #splines Regression Spline Functions and Classes 
  142. as.polySpline asVector backSpline bs interpSpline ns periodicSpline polySpline predict.bs predict.bSpline predict.nbSpline predict.npolySpline predict.ns predict.pbSpline predict.ppolySpline spline.des splineDesign splineKnots splineOrder xyVector 
  143.  
  144. #stepfun Step Functions, including Empirical Distributions 
  145. as.stepfun ecdf is.stepfun knots lines.stepfun plot.ecdf plot.stepfun print.ecdf print.stepfun stepfun summary.stepfun 
  146.  
  147. #survival Survival analysis, including penalised likelihood. 
  148. aml anova.coxph anova.coxphlist anova.survreg anova.survreglist as.character.date as.character.Surv as.data.frame.date as.data.frame.Surv as.date as.vector.date attrassign basehaz bladder bladder2 cancer censorReg clogit cluster colon cox.zph coxph coxph.control coxph.detail coxph.getdata coxph.object coxph.penalty date.ddmmmyy date.mdy date.mmddyy date.mmddyyyy format.Surv frailty heart is.date is.na.date is.na.ratetable is.na.Surv is.ratetable is.Surv jasa jasa1 kidney labels.survreg leukemia lines.survfit lung Math.date Math.ratetable Math.Surv mdy.date model.frame.coxph model.frame.survreg Ops.date Ops.ratetable Ops.Surv ovarian pbc plot.cox.zph plot.date plot.survfit points.survfit predict.coxph predict.survreg print.cox.zph print.coxph print.coxph.null print.coxph.penal print.date print.ratetable print.summary.survfit print.summary.survreg print.Surv print.survdiff print.survexp print.survfit print.survreg print.survreg.penal pspline pyears ratetable ratetables rats residuals.coxph residuals.survreg ridge stanford2 strata summary.coxph summary.coxph.penal Summary.date summary.date summary.ratetable Summary.Surv summary.survfit summary.survreg Surv survdiff survexp survexp.az survexp.azr survexp.cfit survexp.fit survexp.fl survexp.flr survexp.mn survexp.mnwhite survexp.us survexp.usr survexp.uswhite survexp.wnc survfit survfit.coxph.null survfit.km survfit.object survobrien survReg survreg survreg.control survreg.distributions survreg.object survreg.old tcut untangle.specials veteran 
  149.  
  150. #tcltk Tcl/Tk Interface 
  151. .Tcl .Tk.ID .Tk.newwin .Tk.subwin .TkRoot .TkWin addTclPath as.character.tclObj as.character.tclVar as.double.tclObj as.integer.tclObj as.tclObj is.tclObj is.tkwin print.tclObj TclInterface tclObj tclRequire tclvalue tclVar tclvar tkactivate tkadd tkaddtag tkbbox tkbell tkbind tkbindtags tkbutton tkcanvas tkcanvasx tkcanvasy tkcget tkcheckbutton tkchooseDirectory tkclipboard.append tkclipboard.clear tkclose tkcmd TkCommands tkcompare tkconfigure tkcoords tkcreate tkcurselection tkdchars tkdebug tkdelete tkdelta tkdeselect tkdestroy tkdialog tkdlineinfo tkdtag tkdump tkentry tkentrycget tkentryconfigure tkevent.add tkevent.delete tkevent.generate tkevent.info tkfile.dir tkfile.tail tkfind tkflash tkfocus tkfont.actual tkfont.configure tkfont.create tkfont.delete tkfont.families tkfont.measure tkfont.metrics tkfont.names tkfraction tkframe tkget tkgetOpenFile tkgetSaveFile tkgettags tkgrab tkgrid tkicursor tkidentify tkimage.cget tkimage.configure tkimage.create tkimage.names tkindex tkinsert tkinvoke tkitembind tkitemcget tkitemconfigure tkitemfocus tkitemlower tkitemraise tkitemscale tklabel tklistbox tklower tkmark.gravity tkmark.names tkmark.next tkmark.previous tkmark.set tkmark.unset tkmenu tkmenubutton tkmessage tkmessageBox tkmove tknearest tkopen tkpack tkpager tkplace tkpopup tkpost tkpostcascade tkpostscript tkputs tkradiobutton tkraise tkread tkscale tkscan.dragto tkscan.mark tkscrollbar tksearch tksee tkselect tkselection.adjust tkselection.anchor tkselection.clear tkselection.from tkselection.includes tkselection.present tkselection.range tkselection.set tkselection.to tkset tksize tkStartGUI tktag.add tktag.bind tktag.cget tktag.configure tktag.delete tktag.lower tktag.names tktag.nextrange tktag.prevrange tktag.raise tktag.ranges tktag.remove tktext tktitle tktoggle tktoplevel tktype tkunpost tkwait.variable tkwait.visibility tkwait.window tkwidget TkWidgetcmds TkWidgets tkwindow.cget tkwindow.configure tkwindow.create tkwindow.names tkwinfo tkwm.aspect tkwm.client tkwm.colormapwindows tkwm.command tkwm.deiconify tkwm.focusmodel tkwm.frame tkwm.geometry tkwm.grid tkwm.group tkwm.iconbitmap tkwm.iconify tkwm.iconmask tkwm.iconname tkwm.iconposition tkwm.iconwindow tkwm.maxsize tkwm.minsize tkwm.overrideredirect tkwm.positionfrom tkwm.protocol tkwm.resizable tkwm.sizefrom tkwm.state tkwm.title tkwm.transient tkwm.withdraw tkXselection.clear tkXselection.get tkXselection.handle tkXselection.own tkxview tkyposition tkyview 
  152.  
  153. #tools Tools for package development 
  154. .installMD5sums checkAssignFuns checkDocArgs checkDocStyle checkFF checkMD5sums checkMethods checkTnF checkVignettes codoc md5sum print.checkAssignFuns print.checkDocArgs print.checkDocStyle print.checkFF print.checkMethods print.checkTnF print.checkVignettes print.codoc print.undoc QC Rdindex Rtangle RtangleSetup RweaveLatex RweaveLatexSetup Stangle Sweave SweaveSyntaxLatex SweaveSyntaxNoweb SweaveSyntConv undoc 
  155.  
  156. #ts Time series functions 
  157. acf acf2AR AirPassengers ar ar.burg ar.mle ar.ols ar.yw arima arima.sim arima0 ARMAacf ARMAtoMA austres bandwidth.kernel beaver1 beaver2 beavers BJsales Box.test ccf cpgram decompose df.kernel diffinv embed EuStockMarkets fdeaths filter HoltWinters is.tskernel JohnsonJohnson KalmanForecast KalmanLike KalmanRun KalmanSmooth kernapply kernel lag lag.plot LakeHuron ldeaths lh lynx makeARIMA mdeaths monthplot na.contiguous Nile nottem pacf plot.acf plot.decomposed.ts plot.HoltWinters plot.spec plot.stl PP.test predict.ar predict.Arima predict.arima0 predict.HoltWinters predict.StructTS print.ar print.arima0 print.StructTS Seatbelts spec spec.ar spec.pgram spec.taper spectrum stl StructTS sunspot toeplitz treering ts.intersect ts.plot ts.union tsdiag tsSmooth UKDriverDeaths UKgas UKLungDeaths USAccDeaths WWWusage 
  158.